Voor de Bataafs-Franse tijd (1795-1813) konden de meest rijke en aanzienlijke Krommeniedijkers zich in de kerk – onder de vloer – laten begraven, in plaats van buiten op het kerkhof. Hoe dichter bij het altaar, hoe beter. Helaas gebeurde dat in de meeste kerken niet altijd even zorgvuldig en werden de doden in slecht afgedichte of onvoldoende diepe graven ter aarde besteld. Bovendien verzakte de kerkvloer door het telkens oplichten van de stenen, zodat uit de kieren tussen de grafstenen een doordringende rottingsgeur opsteeg. Vooral de eerste vier weken na een begrafenis was de stank haast ondraaglijk en woonden de kerkgangers met een zakdoek tegen de neus en mond gedrukt de wekelijkse eredienst bij. Waarschijnlijk komt hier de uitdrukking ‘rijke stinkerd’ uit voort.
In 1795 werd het omwille van de hygiëne officieel verboden nog langer doden in de kerk te begraven. Toch kwam het voor dat, nadat de Fransen in 1813 vertrokken waren, er af en toe weer in de kerk begraven werd. Maar vanaf 1 januari 1829 was het bij Koninklijk Besluit echt niet langer toegestaan, en werden ook de bestaande graven uit de kerk verwijderd. De grafzerken die in het huidige kerkgebouw te zien zijn, bedekken dan ook geen werkelijke graven meer. De meeste zijn overigens nog afkomstig uit de kerk die hier voor 1755 stond. Op sommige van deze zerken, van gepolijst graniet, is het beroep af te lezen dat de overledene tijdens zijn leven heeft uitgeoefend. Zo is er op een steen een tang aan te treffen en op een andere een schoen.
De rechteringang van de kerk is tussen de banken en de houten vloer betegeld met grafzerken, waarop de volgende tekens en huismerken waar te nemen zijn:
| HK, met daaronder een M |
| IAI, met daaronder een K |
| ER LEIT BEGRAVE EYNDRICK SYMON ERF DEN 26 MAER 68 |
| N (gekruisde vlaggetjes) D, met daaronder een L |
De linkeringang van de kerk is tussen de banken en de houten vloer betegeld met grafzerken, waarop de volgende teksten en huismerken waar te nemen zijn:
| D+D, met daaronder een S |
| W |
| W |
Tussen de consistoriekamer en de zij-ingang zijn de volgende teksten en huismerken op de grafzerken waar te nemen:
| een paard, met daaronder CXM |
| YT BEGRAVEN ORNELIS SOON DEN 27 MEY 1641 |
| GA (met kruisje) C, met daaronder een B |
| EN Syn Huysvrouw Aagtje Jacobs OVERLE DEN den 8 DECEMBER 1727 MET HAAR SOON Jacob Allertsz Visser ontsla pen den 18 Juny 1734 |
| HIER LEYT BEGRAVEN JACOP WILLEMS03 1649 (met daaronder een nijptang) |
| HIER LEYT BEGRAVEN MARY IANS IS GESTORVEN DEN 26 MAIJ 1646: |
| een zandloper |
| S(kruis) C, met daaronder een M |
| kruis met vertikale streep |
| drietand met kruis |
| G4I, met daaronder G (omgekeerde 4) W |
| een hartje. Dit is door Sepp Duschek overgenomen in zijn trompe-l’oeil-schildering op de vlonder bij de toegang. |
| SR, met een schoen daaronder |
| HK, met daaronder een M |
| I. DE IONG |
| HK, met daaronder een M |
Op het altaar zijn de volgende teksten en huismerken waar te nemen:
| (onleesbaar) |
| HIER LEYT BEGRAVEN POVWELYS DIRCKSEN IS GERVST DEN 23 APRIL ANNO 1637. HIER LEYT BEGRAVEN Dirck Claessoon HY IS GERVST DEN 8 DE CEMBER Anno 1647 |
| HIER LEYT BEGRAVEN DIRCK CORNELIS3 STERF DEN 19 MAEY A 1654 |
| HIER LEYT BEGRAVEN D Assuerius Schalckenius IS IN DEN HEER GERUST den xxij September Anno 1684 |
| een X door een omgekeerd kruis |
| TRYNTJE ARIEJANS KRYGSMAN |
| I. DE JONG M.I. Backer |
| M, een vertikale lijn met vier horizontale strepen, en een I |
| HIER LEYT BEGRAVEN MARI GERRITS DE HYISVROV VAN DIRCK CLAESZ. STERF DEN (met de laatste N in spiegelbeeld) 1 JANNEWARY 1649 |
| een kruis met een X erdoor |
| HIER IS BEGRAVEN JAN VOOGT SCHOOLMR te CROMMENIEDYK en ZYN HUYSVROUW MAARTJE WILLEMS |
| een omcirkelde K |
| HIER RUST D. HENRICUS ZEGERIUS Predikant te CROMMENIEDYK Obiit 28 December A 1729 |
| JACOB WIELE EN ZYN HUYS VROUW ANTJE JANS A 1741 |
| K, M met een pijl naar boven, I |
| HIER LEYT BEGRAVEN NEEL WILLEMS IS STERF DEN 5 FEBRU WARY 1644 |
| IONG |
| D, met schuin daaronder een S, en daarnaast een C |
| D, met een zandloper en een D |
| een kruis uitlopend in een ruit |
In zijn boek Krommeniedijk en zijn kerk schrijft dominee Boeke dat het in de zeventiende eeuw nog de gewoonte was ook op zondag te begraven, maar vanaf 1687 werd dit verboden. Net als de ommegang rond de kerk: ‘En dat sich oock niemant sal vervorderen van nu voortaen eenige doode lijcken om de kerck te draghen, hetsy jonck ofte out’.
Er werden toen meer ceremoniën verboden, zoals dat men
‘geen kruyt ofte blomgewas om doode mede te versieren van nuu voortaan bijde huijsen int minste of meeste sal mogen garen’. Evenmin dat ‘kisten van dien in eeniger manieren met soodanige kruijt inde begraffenis te brengen, mogen sijn versiert’, noch ‘de dootkisten met kruijsen te overschrijven ofte op de dootgraven kruijsen te drucken tzij met schop ofte spaa hoedanigh het gepractiseert soude mogen worden, nogte en sal men de dootkisten met geen versierde kruijsen, ofte de naem van Jesus Christi mogen behangen off diergelijcken superstitie tot onteeringe van Godes Heijligen naam te plegen, alles opte boete van XLII sch. als vooren bijde Erffgenamen vande overledenen te verbeuren.’
Tegenwoordig is het kerkhof van Krommeniedijk een openbare begraafplaats. Deze is in het bezit van de Stichting Beheer Hervormde Kerk te Krommeniedijk, maar de Gemeente Zaanstad beheert de begraafplaats en is verantwoordelijk voor het onderhoud.